Sultan II. Bayezid döneminde, 1508 yılında, Aydın Valisi Mir Haydar tarafından Mimar Ahmet oğlu Mehmet’e yaptırılmıştır.Kesme taştan 4 burçlu olarak inşa edilmiş olan kale, ilk yapıldığı dönemde deniz kenarında iken denizin doldurulması sonucu günümüzdeki yeri denizden uzakta kalmıştır. Evliya Çelebi, bu kalenin fiziki durumu, büyüklüğü, mimarisi ve kale içinde bulunan evler hakkında bilgi vermektedir.
Çeşme Kalesi içinde 1965 senesinde hizmete açılan Çeşme Müzesi, ilk olarak bir silah müzesi görevi görmüş ve Topkapı Sarayı’ndan getirilmiş olan silahlar burada 1984 yılına kadar sergilenmiştir. Denizin etkisiyle oksitlenen silahlar buradan taşınmış ve onların yerine bölgenin önemli arkeolojik kazı alanları olan başta Erytrhai Antik Kenti olmak üzere Alaçatı, Çeşme, Kalemburnu gibi noktalardan elde edilen tarihi kalıntılar sergilenmeye başlanmıştır.Barbaros Kulesi Sergi Salonu içinde Çeşme’nin ilk çağlardan Roma dönemine kadar olan tarihiyle ilgili kalıntıları görebiliyorsunuz. Osmanlı-Rus Savaşı Sergi Salonu ise bu savaşla ilgili çeşitli kalıntıları inceleyebileceğiniz ve savaşla ilgili detaylı bilgi edinebileceğiniz yerlerden biri. Müzede günümüzde 126 adet etnografik öge, 320 arkeolojik kalıntı ve 31 sikke sergilenmektedir.